केन्द्र तकनीकी क्षेत्र, सुविधा समूह, कार्यक्रम प्रबंधन व योजना समूह और प्रशासन क्षेत्र से सम्मिलित प्रबंधन क्षेत्रों में प्रकार्यात्मक रुप से संगठित है। केन्द्र निदेशक के नेतृत्व में रहता है और प्रत्येक कार्यात्मक क्षेत्र के प्रधान केन्द्र के निदेशक को रिपोर्ट करते हैं। सीमित संसाधन का उपयोग इष्टतम रुप से करने तथा एक ही साथ बहु परियोजनाओं को निष्पादित करने के लिए केन्द्र में मैट्रिक्स पद्धति को अपनाया गया है।

यांत्रिक प्रणाली क्षेत्र : सभी अंतरिक्षयान परियोजनाओं के यांत्रिक हार्डवेयर का अभिकल्प, विश्लेषण, संविरचन, परीक्षण एवं सुपुर्दगी के लिए ज़िम्मेदार है।

संचार व पॉवर क्षेत्र: अंतरिक्षयान आर.एफ. प्रणाली एवं इलेक्ट्रीकल पॉवर प्रणालियों का अभिकल्प, विकास, संविरचन तथा परीक्षण के लिए ज़िम्मेदार है।

नियंत्रण व अंकीय क्षेत्र: दूरमिति, दूरादेश, संचय प्रणाली, आकंड़ा प्रहस्तन, भू-कोडित्रों एवं अंतरिक्ष विज्ञान में अनुसंधान तथा यंत्रीकरण जैसै ऑनबोर्ड कंप्यूटर अभिकल्प, नियंत्रण गतिकी, अंकीय प्रणालियों की समग्र जिम्मेदारी निभाता है।

समाकलन व जाँच क्षेत्र: अंतरिक्षयान के संपूर्ण यांत्रिक एवं इलेक्ट्रिकल समाकलन, ई.एम.आई. नियंत्रण योजना, अंतरिक्षयान भू-जाँच प्रणाली सहायता एवं समाकलित अंतरिक्षयान स्तर परीक्षण, प्रमोचन कक्ष में अंतिम प्रचालन के लिए ज़िम्मेदार है।

विश्वसनीयता व गुणता क्षेत्र: संकर सूक्ष्म परिपथ (HMC) विकास से सम्मिलित सभी अंतरिक्षयान हार्डवेयर एवं अंतरिक्ष अर्ह घटक प्रबंधन की विश्वसनीयता तथा गुणता आश्वासन के लिए ज़िम्मेदार है।

मिशन विकास क्षेत्र: संपूर्ण मिशन योजना एवं प्रचालन दस्तावेज़ों की तैयारी करता है, कक्षा का चयन करके अभिवृत्ति विश्लेषण, नौसंचालन सॉफ्टवेयर विकास , तथा नौसंचालन कार्यक्रम के लिए भू-खंड को सहायता प्रदान करता है। यह क्षेत्र केन्द्र के केन्द्रीकृत आई.टी. संरचना की स्थापना एवं प्रबंधन के लिए ज़िम्मेदार है।

तंत्र उत्पादन क्षेत्र: मानकीकृत इलेक्ट्रोनिक्स हार्डवेयर के उत्पादन की विस्तृत योजना बनाता है और इसका कार्यान्वयन आंतरिक सुविधा और बाहरी विक्रेता द्वारा करता है ।

सुविधा समूह: घटक से प्रणाली स्तर तक अंतरिक्षयान के संविरचन, कोडांतरण एवं परीक्षण की आवश्यकताओं को प्रदान करने हेतु प्रबंधन, स्थापना एवं अनुरक्षण की सुविधा प्रदान करने की जिम्मेदारी है।

योजना समूह: केन्द्रीय समन्वयन टीम है जो विभिन्न तकनीकी क्षेत्र, प्रशासनिक प्रभाग एवं प्रबंधन तथा बाह्य एजेंसियों के बीच अंतरापृष्ठ उपलब्ध कराता है।

जियोसैट कार्यक्रम, आई.आर.एस. कार्यक्रम व लघु उपग्रह कार्यक्रम, सूक्ष्मतरंग सुदूर संवेदी उपग्रह कार्यक्रम एवं उपग्रह नौसंचालन कार्यक्रम: विभिन्न अनुप्रयोगों को उपयुक्त बनाने के लिए सभी भू-स्थिर उपग्रहों, भू-प्रेक्षण उपग्रहों एवं नौसंचालन उपग्रहों के लिये परिभाषा, संप्रत्ययीकरण, अभिकल्प एवं निर्माण के लिए ज़िम्मेदार है। प्रणाली अभियांत्रिकी, बजट एवं योजना, संरुपण व आंकड़ा प्रबंधन इत्यादि प्रत्येक कार्यक्रम प्रबंधन कार्यालय की मुख्य ज़िम्मेदारियाँ हैं।

प्रशासन क्षेत्र: निर्माण व अनुरक्षण, सुरक्षा व संरक्षा, कार्मिक व सामान्य प्रशासन, वित्त व लेखा, क्रय एवं भंडार, परिवहन, चिकित्सा यूनिट एवं कैंटीन सुविधाएँ प्रदान करना इसकी मुख्य ज़िम्मेदारियाँ हैं।

विद्युत प्रकाशिकी तंत्र प्रयोगशाला (लियोस) : पीण्या, बेंगलूरु में स्थित है, जो इसरो कार्यक्रमों के लिए विद्युत प्रकाशिकी प्रणालियों के अनुसंधान, विकास एवं उत्पादनीकरण के लिए मुख्य रुप से जिम्मेदार है। यह उपग्रहों के लिए संवेदक एवं संबंद्ध इलेक्ट्रॉनिकी उपलब्ध कराने में सहायता करता है। लियोस में अभिवृत्ति मापन के लिए विविध स्पेक्ट्रमी क्षेत्रों में भू, सौर एवं तारा संवेदकों जैसे विभिन्न प्रकार के अभिवृत्ति संवेदकों का विकास किया जाता है।